家康公に認められた上人は駿府に伴われ、駿府城近くに寺院創建をご尊命され、公自ら、敷地を選定されたといいます。北街道に平行して、横内川が流れ、京都の高瀬川周辺に似ており、将来は船着き場としても繁栄する場所として見込まれました。現在の地に、約1,900坪(約6,300m²)の敷地を造成し、その後八間七間(約185m²)の本堂を中心に方丈、庫裡などが造設されました。慶長十五年(1610)には、公の命により法憧(仏教講座)が開催されました。

その折、金三百両および米三百俵が入用され、十二棟の学寮も建立されました。この法憧に、増上寺の存応上人は、修行僧百二十余名を参加させたといわれています。その後、公より、有度郡上足洗村内三十石の田を寺領として付与する内容の御朱印状を当山は賜りました。「南蛮屏風」寄進や揚梅のお手植えもこの頃の事であります。

開山の廓山上人は当山に在住の後、江戸伝通院の中興開山となります。そして元和八年(1622)に、二代将軍徳川秀忠公らの強い推挙により増上寺十三世になられ、徳川家の菩提を弔い、天下安泰に努められました。廓山上人の開山以来、幾多の変遷をへて、現在に至っている来迎院。その姿は、家康公が大御所として君臨されて以来の駿府静岡の歴史の証人といえるかもしれません。